في عام 1919 قررت مجموعة من الأصدقاء بقيادة أوكتافيو ميليغو دياز، إنشاء ناد لكرة القدم يحمل اسم فالنسيا، وكانت كرة القدم معروفة في المدينة ولكن بشكل متواضع، حيث انتقلت عبر البحارة الإنكليز والمسافرين، ولم يكن الاهتمام الإعلامي بالرياضة كما هو عليه الآن، وخاصة للظروف الاجتماعية والاقتصادية الغير مستقرة في إسبانيا آنذاك، رغم وجود أندية مثل ليفانتي وخيمناستيكو وهيسبانو في المدينة ذاتها.
وفي عام 1923 فاز فالنسيا بالبطولة الإقليمية، وتأهل بالتالي للعب في كأس ملك إسبانيا، حيث واجه سبورتينغ خيخون وفاز عليه ذهاباً بهدف نظيف، ولكنه خسر لقاء العودة بستة أهداف مقابل هدفين واحد، ونظراً لعدم وجود قاعدة صعود الفريق الأكثر تهديفاً آنذاك، لعب الفريقان مباراة فاصلة في أوفييدو فاز فيها خيخون مرة أخرى بهدفين دون مقابل.
وكان عقد الأربعينيات من القرن العشرين هو العصر الذهبي للفريق، حيث فاز خلال تلك الفترة بثلاثة ألقاب للدوري وبطولتين للكأس، وشهد عام 1941 أول لقب للفريق منذ تأسيسه، حين فاز بالكأس، وشهدت مدينة فالنسيا احتفالات ضخمة بهذه المناسبة.
كما كان فالنسيا أول فريق إسباني يفوز بكأس السوبر الأوروبية عام 1981، ولكن عقد الثمانينيات شهد فترة من التدهور التدريجي، أدت إلى هبوط الفريق إلى دوري القسم الثاني مع نهاية موسم 1985/1986، بعد 55 عاماً متتالية قضاها في الليغا.
وعاد فالنسيا إلى دوري الدرجة الأولى بعد عام واحد من هبوطه، وبدأ في استعادة مستواه تدريجياً، حيث ثبت أقدامه في الليغا، ومع نهاية التسعينيات أصبح من أندية القمة في إسبانيا، حيث عاود حصد البطولات المختلفة، وإمداد المنتخب الإسباني بالعديد من اللاعبين المميزين، كما تأهل إلى نهائي دوري أبطال أوروبا لعامين متتاليين (2000 و2001) ولكنه لم ينجح حتى الآن في الفوز بهذه البطولة